Het onderzoek van Gert Biesta richt zich op de theorie en het beleid van opvoeding en onderwijs, met speciale aandacht voor de relatie tussen onderwijs, opvoeding en democratie en de maatschappelijke opdracht van onderwijs en opvoeding. Naast bijdragen aan de onderwijspedagogische theorievorming en kritische analyse van onderwijsbeleid, richt zijn werk zich ook op de theorie en methodologie van onderwijskundig en sociaalwetenschappelijk onderzoek. Zijn werk verscheen tot nu toe in 18 verschillende talen. Door zijn werkervaring in verschillende landen heeft hij een breed perspectief ontwikkeld op de onderwijspraktijk en op onderwijstheorie en onderwijsbeleid, met gedetailleerde ‘hands on’ ervaring in de opleiding en nascholing van leraren. Daarmee heeft hij een goed inzicht gekregen in nationale verschillen tussen onderwijssystemen, -praktijken en -culturen en onderliggende historische en maatschappelijke ontwikkelingen.

Als onderwijspedagogische generalist is hij met name geïnteresseerd in de vraag hoe curricula en de ermee verbonden kerndoelen en eindtermen, kunnen bijdragen aan het realiseren van goed onderwijs waarin de brede vorming van kind en jongere centraal staat en er voldoende ruimte is voor het vakmanschap van de leraar. Naast algemene onderwijspedagogische expertise, houdt hij zich onderzoeksmatig bezig met drie curriculumdomeinen: burgerschapseducatie, kunst- en cultuureducatie, en religieuze en levensbeschouwelijke vorming. Door de start van zijn onderwijscarrière als docent natuurkunde in het gezondheidszorgonderwijs, heeft hij ook aantoonbare affiniteit met de exacte vakken.